יהונתן היה בנו הבכור של שאול המלך, ויורש העצר של ישראל. הוא היה גיבור מלחמה אמיץ: פעם אחת הוא ונושא כליו בלבד תקפו מוצב פלשתי והביאו ניצחון גדול. העם אהב אותו מאוד.
כשדוד הצעיר ניצח את גלית והגיע לארמון, קרה דבר נפלא: נפש יהונתן נקשרה בנפש דוד, ויאהבהו יהונתן כנפשו. הם הפכו לחברים הכי טובים. יהונתן אפילו נתן לדוד את בגדיו, את חרבו, את קשתו ואת חגורתו, לאות ברית ואהבה.
אבל אז התחיל שאול לקנא בדוד ולרצות להורגו. יהונתן נקרע בין אהבתו לאביו לבין אהבתו לדוד. הוא בחר בצדק: הוא דיבר טוב על דוד לפני אביו ואמר: אל יחטא המלך בעבדו דוד, כי לא חטא לך. לזמן מה שאול נרגע.
כשהסכנה גברה, יהונתן רקם תוכנית חכמה להזהיר את דוד. הוא קבע איתו שיבוא לשדה, ושם יהונתן יירה חצים. אם יאמר לנערו שהחצים קרובים, סימן שהסכנה חלפה; ואם יאמר שהחצים רחוקים, סימן שדוד חייב לברוח. החצים היו רחוקים, ודוד ברח.
לפני הפרידה, החברים נפגשו בסתר, בכו והתחבקו. הם כרתו ברית: דוד נשבע שלא יכרות את חסדו מבית יהונתן לעולם. יהונתן אמר לדוד: לך לשלום, כי נשבענו שנינו בשם ה'.
יהונתן נשאר עם אביו ונהרג איתו בקרב בהר הגלבוע. כששמע דוד, הוא קרע את בגדיו וקונן: הצבי ישראל על במותיך חלל. צר לי עליך אחי יהונתן, נעמת לי מאוד, נפלאתה אהבתך לי. שנים אחר כך דוד קיים את הברית: הוא מצא את מפיבושת, בנו של יהונתן, דאג לו והושיב אותו על שולחנו. סיפורם הוא הסמל הנצחי של חברות אמת.