ה' אמר ליונה הנביא: קום ולך אל נינוה, העיר הגדולה, וקרא עליה כי עלתה רעתם לפני. ה' רצה שיונה יזהיר את אנשי נינוה שיחזרו ממעשיהם הרעים. אבל יונה לא רצה ללכת, והחליט לברוח.
יונה ירד לנמל יפו, עלה על ספינה שהפליגה לתרשיש, רחוק רחוק מנינוה. הוא חשב שיוכל לברוח מהשליחות. אבל ה' הטיל רוח גדולה על הים, ובאה סערה נוראה. הגלים התנפצו על הספינה, והמלחים פחדו מאוד.
המלחים הטילו גורל כדי לדעת בגלל מי באה עליהם הצרה, והגורל נפל על יונה. יונה הודה: אני בורח מה' אלוהי השמים. הוא אמר להם: שאוני והטילוני אל הים, ואז הים ישתוק. המלחים לא רצו, אבל לא היתה ברירה, והם השליכו את יונה לים. מיד הים נרגע.
וה' הכין דג גדול לבלוע את יונה. שלושה ימים ושלושה לילות היה יונה בבטן הדג, בחושך מוחלט. שם, במקום הכי נמוך שאפשר, יונה התפלל לה' בכל ליבו וביקש סליחה. ה' שמע את תפילתו, והדג הקיא את יונה אל החוף.
הפעם יונה לא ברח. הוא הלך לנינוה, עיר ענקית, וקרא בקול: עוד ארבעים יום ונינוה נהפכת. וקרה דבר מדהים: אנשי נינוה האמינו! מהמלך ועד האדם הפשוט, כולם צמו, לבשו שקים והתפללו לה'. גם את הבהמות לא האכילו.
כשראה ה' שהם באמת חזרו מדרכם הרעה, הוא ריחם עליהם ולא הביא עליהם את הרעה. אבל יונה כעס מאוד. הוא רצה שהעיר תיענש. הוא יצא מהעיר, ישב בצל קיקיון שצמח בן לילה, וכשהקיקיון נבל יונה הצטער עליו.
אז אמר לו ה': אתה חסת על הקיקיון שלא עמלת בו, ואני לא אחוס על נינוה העיר הגדולה שיש בה כל כך הרבה אנשים? יונה למד שה' רחמן על כל בני האדם, ושהתשובה תמיד מתקבלת. לכן קוראים את ספר יונה ביום כיפור, יום התשובה והסליחה.